组成骨骼的矿物质中5/6以上是由钙和磷构成的，两者是骨骼的重要成分，也是保持骨骼强度和硬度的物质基础。人的骨骼处于高度的新陈代谢中，每年新生的骨骼占总骨骼的15%，每天有大约700毫升的钙进出骨骼组织，其中一部分钙会随尿液排出体外，因此，减少尿钙损失比摄入钙更为重要。有关的研究表明，动物蛋白会增加尿液中钙的排泄量，这意味着当身体需要钙时，却吸收不到足够的钙;而吃大豆蛋白比吃动物蛋白可以使尿液中排泄的钙量降低50%。另外一些研究表明，大豆中的异黄酮可能有助于保持骨骼的质量。

有吃大豆食品传统习惯的日本妇女尽管每天钙摄入量仅为400—500毫克远低于美国妇女1200毫克/日，但其骨质疏松引起的骨折发病率却仅为美国妇女的一半。因此，多吃大豆制品有助于防治骨质疏松症，强壮骨骼。